Jaden Yuki se dirige atrasado a los exámenes de admisión de la Academia de Duelos, antes de llegar, se topa con Yugi Muto, quien le entrega una carta especial, el Kuriboh Alado. Luego, Jaden se apresura, pero llega tarde igualmente. Se le da una última oportunidad para ingresar a la academia, pero debe vencer al profesor Vellian Crowler, éste juega su poderoso monstruo, el Golem de Engranajes Ancestrales. Pero Jaden lo detiene usando su Alado con llamas y su mazo de héroes. 

Jaden llega a la Academia de Duelos y es asignado en el dormitorio rojo, donde van duelistas pobres y con pocas habilidades. En el dormitorio se hace rápidamente amigo de sus compañeros Syrus Truesdale y Chumley Huffington. Luego, Jaden se mete en problemas y su duelo es cambaido por un duelista del dormitorio azul (Chazz Princeton) , para profesionales. 

Crowler decide vengarse y expulsar a Jaden de la academia. Éste le envía una falsa carta de amor, haciéndola parecer que provenía de Alexis Rhodes, una bella estudiante del dormitorio azul. La carta le pide a Jaden reunirse con ella en en las afueras del dormitorio azul femenino por la noche. Más tarde, Syrus encuentra la carta, y va en ayuda de su amigo Jaden. Pero cuando llega, Jaden y la reina del dormitorio azul están en un duelo. 

Jaden se despierta tarde para sus exámenes. Chazz sigue creyendo que Jaden no fue capaz de vencer al Dr. Crowler. Por lo que lo enfrenta nuevamente a un duelo, pero esta vez, con cartas más poderosas. Aunque Jaden también consigue una carta nueva, Alas Trascendentales, que convierte a Kuriboh Alado al nivel 10., lo que lo convierte en ganador del duelo. 

Jaden y sus amigos están contando historias de fantasmas. El profesor Banner les cuenta sobre los juegos de los oscuro y un dormitorio abandonado de la academia. Jaden, Syrus, Chumley y Alexis deciden ir al lugar para comprobar la veracidad de la historia. Alexis está en busca de su hermano, quien tiempo atrás había desaparecido en dicho lugar. Al entrar los cuatro, Alexis es capturada por un hombre llamado Titan, Jaden lo enfrenta para salvar a Alexis. 

Luego de que el falso juego de lo oscuro es disipado por Kuriboh Alado, ambos duelistas ingresan a uno real. Pero Jaden sale victorioso con la ayuda de Kuriboh. Luego de rescatar a Alexis con la ayuda de Syrus y Chumley, se devela que Titan fue contratado por Crowler para vencer a Jaden. 

Jaden y Syrus se encuentran en problemas por llegar tarde y entrar nuevamente al dormitorio prohibido. Ellos serían expulsados de la academia a menos que venzan en un duelo a alguien designado por el comité. Jaden y Syrus deciden enfrentarse para practicar, al final del duelo, Syrus consigue Fusión Poderosa, la carta para vencer a Jaden, pero se rehúsa a usarla porque su hermano mayor le dijo que era demasiado débil y nunca sería un gran duelista. 

Syrus está planeando renunciar a la academia a causa de los dichos de su hermano. Jaden se siente apenado y parte en busca del hermano de Syrus - Zane Truesdale -, un estudiante del dormitorio azul y el mejor duelista de la academia. Jaden se enfrenta en un duelo. Sin embargo, la poderosa baraja de cyber dragones de Zane son demasiado para Jaden y pierde el duelo. Pero a pesar de no haber ganado, Jaden le hace entender a Syrus el espíritu duelista y lo divertido de los juegos. Finalmente, Syrus decide quedarse. 

El padre de Chumley cree que su hijo es un muy mal duelista y decide sacarlo de la acamdemia, para ayudar en el negocio familiar. Jaden y Syrus no quieren que su amigo se marche, por lo que Chumley hace un trato con su padre: si él logra vencerlo en un duelo, podrá permanecer en la academia. Chumley pierde, pero su padre se siente orgulloso de su espíritu y decide dejarlo. 

El día del duelo para decidir si Jaden y Syrus permanecen en la academia ha llegado. Deben vencer a duelistas en equipo profeionales, los hermanos paradoja. El duelo comienza y Syrus se siente inseguro y apenado porque podría hacer perder a Jaden. Su miedo incrementa cuando los hermanos paradoja invocan a su monstruo más poderoso, el Guardián de las Rejas. Jaden, en cambio, se siente seguro y le dice a Syrus que se anime. 

El duelo entre Jaden y Syrus y los hermanos paradoja continúa. Alexis y Chumley se comienzan a preocupar, ya que sus amigos podrían perder. Por otro lado, Chazz mira el duelo atentamente y desea ver a Jaden perder. El duelo se complica para Jaden y Syrus, pero Jaden no pierde las esperanzas. Viendo esto. Syrus se anima y logra vencer al Guardian de las Rejas usando Fusión Poderosa, la carta que anteriormente no pudo usar y le prueba a su hermano que no es débil. 

Crowler está decepcionado de Chazz por perder contra un duelista del dormitorio rojo, Jaden. Así que lo reta: si no vence a un duelista del dormitorio amarillo - Bastion Misawa - no podrá permanecer en el dormitorio azul y deberá partir de la academia. El duelo comienza y Chazz se esfuerza para ganar, pero es vencido por Bastion. Al final del duelo, se le ofrece a Bastion ser parte del dormitorio azul, pero el declina la oferta, clamando de que el no será un buen duelista hasta que venza a Jaden. 

Syrus insiste en que Chazz no abandone la academia, mientras él se encuentra preparando su equipaje. Mientras están en clase, Jaden y Syrus se escapan para detenerlo, pero son sorprendidos por Alexis y sus amigas, Jasmine y Mindy. En vez de acusarlos, Alexis decide ir en busca de Chazz junto con sus amigos, pero en el camino, Jasmine es interrumpida por un simio usando un disco de duelos y la captura. Jaden lucha con el simio para salvarla, pero mientras están distraídos con eso, Chazz abandona la isla y deja la academia. 

Sólo pocos estudiantes permanecen en la academia en las vacaciones de invierno, Jaden y sus amigos incluidos. Ellos disfrutan su tiempo libre en la cafetería del dormitorio rojo, cuando unos estudiantes del dormitorio azul llegan diciendo que otros estudiantes han revivido al espíritu de los duelos, Jinzo, pero no todos creen en ello. Sin embargo, todo fue cierto, y el espíritu de Jinzo se encuentra tomando las almas de algunos estudiantes. Jaden y sus amigos se dirigen a lo profundo del bosque y encuentran a Jinzo. Jaden lo vence y devuelve las almas que había robado. A la mañana siguiente, todos creen que fue un sueño, pero Jaden sabe que fue verdad. 

Jaden y Syrus se encuentran en clase de tenis, mientras Jaden alega que eso no tiene nada que ver con duelos. Mientras se distrae, tira una bola en dirección de Alexis, sin embargo otro estudiante la detiene, dirigiéndola hacia el profesor Crowler. Alexis le agradece al otro estudiante y le revela que él está enamorado de ella. éste reta a Jaden a un duelo, diciendo que quien gane, será el novio de Alexis. Jaden, sin interesarle el premio, juega y gana. Luego de ganar, le pregunta a Alexis que sería exactamente ser novios, a lo que ella responde que por ahora, sólo amistad. 

Varios duelistas del dormitorio azul han sido atacados por un misterioso duelista que les roba sus cartas más raras al ser vencidos, que ellos mismos han denominado "el gigante de los duelos". Mientras tanto, Jaden está muy ocupado haciendo su tarea. Pero el Dr. Crowler le promete eximirlo de ellas si logra encontrar y derrotar al gigante de los duelos. En la noche, Jaden, Syrus y Chumley se encaminan al bosque y encuentran al gigante de los duelos. En el transcurso del duelo, se revela que son dos estudiantes, el que da la forma intimidadora, y el verdadero duelista, Brier. Brier termina el duelo vencido por Jaden, éste último lo perdona, dejándolo ir, pero devolviéndo las cartas robadas al día siguiente. Sin decir la identidad del gigante de los duelos a Crowler, Jaden debe terminar su tarea. 

Jaden, Syrus, Chumley y Alexis escucharon sobre un misterioso ex estudiante que se oculta en los bosques que puede elegir la carta que saca en cada turno. Ellos se deciden ir a comprobarlo, y se dirigen al bosque. Al hacerlo, Jaden le propone un duelo y comprueba que es cierto, ya que el duelista, llamado Damon, estaba practicando una misteriosa técnica por años. Jaden, finalmente vence a Damon, y concluye que es mejor divertirse a que tomarse todo enserio como él lo hacía. 

La baraja del legendario duelista, Yugi Muto ha llegado para ser exhibida en la academia. Syrus enfrenta a un duelo a un estudiante del dormitorio amarillo para ganar entradas para entrar a la exhibición. El estudiante del dormitorio amarillo se siente avergonzado por ser vencido por uno del rojo, pero Bastion lo consuela. Por la noche, el estudiante que perdió, Dimitri, roba la baraja de Yugi, creyendo que con ella podría ganar todos sus duelos. Jaden, Syrus, Bastion y Chumley van a ver que ocurre y Jaden es retado a un duelo por Dimitri 

Jaden se encuentra perdiendo el duelo contra la baraja de Yugi, incluso cuando está siendo jugada por alguien que no sabe usarla. Pero, Jaden logra vencerlo usando uno de sus heroes, Dimitri se siente decepcionado al perder, y cree que nunca será un gran duelista, incluso teniendo cartas poderosas. Zane y Alexis llegan a ver el final del duelo y Jaden se pregunta como lo habían encontrado, a lo que Zane responde que no eran los únicos y al voltearse, se da cuenta de que gran parte de la academia había sido expectador del duelo. 

Un nuevo estudiante es transferido a la acadmeia, Blair Flannigan, y se aloja en el dormitorio rojo. Jaden cree que el nuevo chico, se ve un poco afeminado, y se ve interesado en Zane. Jaden confronta directamente a Blair sobre este tema y accidentalmente, arroja su sombrero al suelo, revelando su verdadero cabello y descubriéndose que es en realidad una chica. Jaden se enfrenta a Blair, con el objetivo de conocerla mejor. Blair es derrotada y se siente asustada de que Jaden les diga a todos de que es una chica, a lo que Jaden promete que no lo hará. Pero en ese momento, Zane llega y Blair admite que está atraída por él. Al día siguiente, Blair se va de la academia por develar que es demasiado pequeña, y promete regresar cuando sea mayor (cosa que cumple, para integrarse a los personajes principales en la temporada 3) 

Se anuncia que en los próximos días se realizará un duelo interescolar contra un duelista de la Academia del Norte. Dr. Crowler, el cánciller Sheppard y los principales profesores discuten en una sala sobre quién será el representante de la academia - Jaden o Bastion. Ellos deciden que ambos deben enfrentarse en un duelo y el ganador luchará contra el representante de la Academia del Norte. Al ser notificado, Bastion se esmera en un primer momento en crear una baraja especializada contra los héroes de Jaden. Al día siguiente, el duelo comienza y la estrategia de Bastion parece funcionar, desde un principio usa una carta que niega las polimerizaciones, arruinando la mayor parte de las cartas poderosas de Jaden. 

Jaden está teniendo un duelo difícil contra el dragón de agua de Bastion y Syrus teme que pierda. Jaden sigue la orden de no usar fusiones, Jaden juega un héroe convencional que no había usado antes, corazón salvaje, ganando el duelo. Zane y Bastion se encuentran impresionados de las habilidades de Jaden. Posteriormente, Bastion le dice a Jaden que trabajará de nuevo en una baraja para ganarle, mientras que Jaden se convierte en el representante de la academia. 

Crowler sigue interesado en expulsar a Jaden y recluta a Belowski para que lo ayude. Mientras tanto, Jaden se encuentra trabajando con su baraja para el interescolar, por lo que se encuentra un poco irritado e interrumpe la paz y tranquilidad de la academia. En un piso superior, Jaden conoce a Belowski, quien es capaz de ver el espíritu de Kuriboh Alado. Jaden se sorprende por esto. Belowski le pregunta a Jaden si pueden luchar en un duelo, ya que nunca ha luchado con alguien que puede ver los espíritus de los monstruos. Jaden vence a los moke moke de Belowski y los planes de Crowler fracazan una vez más. 

La historia trae de vuelta a Chazz, quien está irritado por sus derrotas anteriores contra Bastion y Jaden, por lo que se dirige a la Academia del Norte. ésta academia tiene reglas diferentes que él no conoce, y para ingresar, debe vencer a cincuenta estudiantes y al campeón de ésta. Chazz no tiene problemas con los cincuenta estudiantes y finalmente al campeón. Por lo que finalmente se convierte en un estudiante, y representante de la Academia del Norte en el interescolar. 

El día del interescolar llega, y Jaden les dice a sus cartas que deben prepararse para su duelo más importantes. Cuando su oponente llega, se impresiona al descubrir que no es otro que Chazz, quien ha llegado arrimado por toda su nueva academia, y con otra baraja. Los hermanos de Chazz llegan a presenciar el duelo, lo que presiona a Chazz aún más. Cuando la batalla comienza, Chazz invoca a su dragón armado nivel 3, y posteriormente al más poderoso, dragón armano nivel 7. 

Chazz está ganando con su dragón armado. Pero Jaden lo detiene con una combinación de sus héroes. Chazz queda destruido por su derrota y sus hermanos están furiosos con él. Cuando el bote de la Academia del Norte se va de vuelta a su lugar de origen. Chazz decide quedarse en la Academia Central, sin embargo, como estuvo tres meses fuera, no se le permite quedarse en el dormitorio azul, y debe permancer en el dormitorio rojo, junto con Jaden, Syrus y Chumley. 

Profesor Banner, Jaden, Syrus, Chumley y Alexis están en un viaje a las ruinas de un volcán. El gato de Banner, Faraón, ve algo sospechoso en la arena. Hay tres soles muy brillantes cubriendo al grupo. Jaden los mira y pierde la conciencia, al despertar, ve a una mujer misteriosa que le explica que ésa es una tumba sagrada y él no debería estar ahí. Más tarde, el guardia de la cripta aparece y lo reta a un duelo, si gana, podrá escapar con vida. 

La carta mágica del guarda criptas, Necrovalle, le está causando problemas a Jaden. Que le impide invocar monstruos mientras tenga en su cementerio. Jaden usa la habilidad especial del héroe necrosombra y gana el duelo. El guarda criptas, aceptando su derrota, le entrega a Jaden un misterioso amuleto partido por la mitad, y le advierte que alguien que él conocerá tiene la otra. El espíritu de Kuriboh Alado y Des Koala lo guían hacia los demás 

Alexis, Banner, Bastion, Chazz, Crowler, Jaden y Zane son citados a la oficina del canciller Sheppard. Él les explica sobre tres poderosas cartas legendarias, las "tres bestias sagradas", ellas están selladas debajo de la Academia de Duelos. También les cuenta sobre un grupo maligno, denominados los siete jinetes de las sombras (Abidos, Amnael, Cámula, Don Zaloog, Titan, Tania y Velo Nocturno) que planean liberar a las bestias y usar su poder. Para protegerlas, se les dá a cada uno de los reunidos, una parte de la llave que libera a las bestias, habiendo siete llaves espirituales en total, todos deberán enfrentarse a los jinetes de las sombras, si los jinetes ganan, se quedarán con una llave espiritual y quien la pierda no podrá seguir luchando, pero si ellos ganan, lo derrotarán para siempre y desaparecerá. Ahora la misión es derrotar a cada uno de los jinetes. Por la noche, Velo Nocturno aparece y reta a Jaden a un duelo. 

Jaden está venciendo lentamente a la baraja de dragones de Velo Nocturno. Pero se ve presionado, ya que sus amigos están en peligro. Con la ayuda de rascacielos y corazón salvaje, Jaden logra derrotar al primer jinete de las sombras. Cuando éste pierde, se cae su máscara y su espíritu queda sellado en ella. Pero al ver el verdadero rostro del jinete, descubren su verdadera identidad, quien es, nada más ni nada menos, que el hermano de Alexis, Atticus Rhodes. 

Despúés del duelo con Atticus, Jaden y Atticus se encuentran en el hostipal cuando Jaden sueña con una vampiresa. Cuando los portadores de las llaves se dan cuenta que unos murciélagos los preseguían, aparece Cámula, una vampiresa que ve y conoce las devilidades de los portadores. Crowler es el primer en luchar con ella, pero resulta perdedor y le pide a Jaden que vengue su duelo y queda convertido en un muñeco. 

Esta batalla se da en el castillo, donde Cámula retó a Zane, este asiste con todos los demás. Después de una ardua batalla Cámula usa el conjuro de la puerta para conseguir un alma y encerrarla ahí, ella elige la de su hermano menor, Syrus. Zane sacrifica su vida para salvar la de su hermano.